TEAM LEADER

   
   
Joaquín Dopazo Blázquez
TEL: +34 963289681 Ext. 2003
FAX: +34 963289701

 

EQUIPO INVESTIGACIÓN
Bioinformatics Technicians
Ruben Sanchez Garcia

Francisco Salavert Torres

Asuncion Gallego Ortega

Daniel Crespo Belenguer

Mercedes Medina Garcia


Estudiante
Matías Marín Falco

María Andrea Dacasa Gómez

David Sáez Villanueva


Investigador
Jose Carbonell Caballero


Investigadores Postdoctorales
Francisco García García

Marta Hidalgo Garcia

Alicia Amadoz Navarro


Investigadores Predoctorales
Cankut Cubuk


Project Manager
Laura Galisteo Garzon

Genómica de Sistemas


La medicina y la biología se están transformando rápidamente en ciencias de datos masivos debido al uso cada vez más extendido de las nuevas tecnologías "ómicas". Las aplicaciones innovadoras en estas áreas deben de tener como objetivo la explotación de los datos genómicos desde una perspectiva de Biología de Sistemas. En este sentido, el objetivo general que perseguimos a través de las principales líneas de investigación consiste en relacionar la variación a nivel genómico (variantes puntuales o estructurales, cambios en la metilación, diferencias en la expresión génica, etc.) con sus efectos a nivel tanto celular como fenotípico, tratando de entender los mecanismos subyacentes que gobiernan la red de interacciones moleculares en la célula.

Nuestro grupo lleva a cabo investigación innovadora aplicando bioinformática traslacional a la medicina personalizada integrando datos genómicos y clínicos.

Desarrollamos herramientas que permiten transformar los datos producidos por las nuevas tecnologías de alto rendimiento (secuenciación de nueva generación, proteómica, metabolómca, etc.) en información de utilidad biomédica que puede ser usada con propósitos diagnósticos o pronósticos.

También llevamos a cabo estudios novedosos de medicina de sistemas y aplicamos sus resultados a otras áreas como la farmacogenómica la nutrigenómica o la agrogenómica.

El grupo también incluye dos unidades, le de Biología Computacional y la de Bioestadística, además del soporte de TI para todo el programa. El grupo, en coordinación con las unidades tiene el objetivo general de desarrollar y aplicar métodos computacionales que proporcionan una aproximación interdisciplinaria y cuantitativa a proyectos biotecnológicos y biomédicos. Nuestra necesidad de computación es facilitada por la unidad de soporte de TI.

Finalmente, a través de la unidad de Genómica Funciona, nuestro grupo es parte del Instituto Nacional de Bioinformática (INB) y del CIBERER.

El grupo también aloja la Cátedra de Genómica Computacional de Bull (http://bioinfo.cipf.es/chair_compgenom) y coordina la iniciativa HPC4G (http://www.hpc4g.org).

Visite la web del grupo en: http://bioinfo.cipf.es/ 

Publicaciones Seleccionadas


A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium.
SEQC/MAQC-III Consortium
Nature biotechnology , 2014 Sep, vol. 32, pag. 903-14
SNP and haplotype mapping for genetic analysis in the rat.
Saar K, Beck A, Bihoreau MT, Birney E, Brocklebank D, Chen Y, Cuppen E, Demonchy S, Dopazo J, Flicek P, Foglio M, Fujiyama A, Gut IG, Gauguier D, Guigo R, Guryev V, Heinig M, Hummel O, Jahn N, Klages S, Kren V, Kube M, Kuhl H, Kuramoto T, Kuroki Y, Lechner D, Lee YA, Lopez-Bigas N, Lathrop GM, Mashimo T, Medina I, Mott R, Patone G, Perrier-Cornet JA, Platzer M, Pravenec M, Reinhardt R, Sakaki Y, Schilhabel M, Schulz H, Serikawa T, Shikhagaie M, Tatsumoto S, Taudien S, Toyoda A, Voigt B, Zelenika D, Zimdahl H, Hubner N
Nature genetics , 2008 May, vol. 40, pag. 560-6
Selective pressures at a codon-level predict deleterious mutations in human disease genes.
Arbiza L, Duchi S, Montaner D, Burguet J, Pantoja-Uceda D, Pineda-Lucena A, Dopazo J, Dopazo H
Journal of molecular biology , 2006 May 19, vol. 358, pag. 1390-404
Comparing bacterial genomes through conservation profiles.
Martin MJ, Herrero J, Mateos A, Dopazo J
Genome research , 2003 May, vol. 13, pag. 991-8
Systematic learning of gene functional classes from DNA array expression data by using multilayer perceptrons.
Mateos A, Dopazo J, Jansen R, Tu Y, Gerstein M, Stolovitzky G
Genome research , 2002 Nov, vol. 12, pag. 1703-15