TEAM LEADER

   
   
Ana Conesa Cegarra
TEL: +34 963289681 Ext. 3201
FAX: +34 963289701

EQUIPO INVESTIGACIÓN
Investigadores Postdoctorales
Sonia Tarazona Campos


Investigadores Predoctorales
Lorena de la Fuente Lorente


Técnico de laboratorio
Mª Cristina Marti Ibañez

Genómica de la Expresión Génica


La laboratorio Genómica de Expresión Génica Lab trabaja en el estudio de los aspectos funcionales de la expresión génica a nivel de todo el genoma y su relación con las enfermedades y rasgos. Para ello desarrollamos métodos estadísticos y herramientas de software que analizan la dinámica del transcriptoma, integrando éstos con otros tipos de datos moleculares y anotándolos funcionalmente, todo ello más recientemente haciendo uso de las tecnologías de secuenciación masiva (NGS). Las áreas actuales de investigación son:

  • Patho-transcriptómica: Arquitectura del genoma y regulación de la expresión génica en bacterias patógenas (Chlamydia y Pseudomonas) y hongos (Aspergillus y Fusarium).
  • Genómica y epigenómica en Lupus Eritomatoso Sistémico.
  • Marcadores epigenómicos en neuroblastoma para el diagnóstico y el pronóstico.
  • Biología de Sistemas en el sistema inmune y su asociación con la leucemia.
  • El papel funcional de ARN largo no codificante y su asociación con la enfermedad.

La investigación genómica funcional se complementa con el desarrollo de software de bioinformática para el análisis de datos: Blast2GO (anotación funcional), Paintomics (visualización genómica), Qualimap (Control de Calidad de datos NGS), maSigPro y SEA (análisis de series temporales), minAS y ASCA-genes (análisis de la expresión génica) y NOIseq (análisis RNA-seq).

El laboratorio es actualmente coordinador de dos proyectos de investigación del 7PM: STATegra, para el desarrollo de herramientas estadísticas para la integración de datos ómicoss heterogéneos y DEANN, una Marie Curie IRSES para el desarrollo de una red de análisis de NGS entre Europa y Sudamérica.

Publicaciones Seleccionadas


A survey of best practices for RNA-seq data analysis.
Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, Gomez-Cabrero D, Cervera A, McPherson A, Szczesniak MW, Gaffney DJ, Elo LL, Zhang X, Mortazavi A
Genome biology , 2016 Jan 26, vol. 17, pag. 13
Assessing technical performance in differential gene expression experiments with external spike-in RNA control ratio mixtures.
Munro SA, Lund SP, Pine PS, Binder H, Clevert DA, Conesa A, Dopazo J, Fasold M, Hochreiter S, Hong H, Jafari N, Kreil DP, Labaj PP, Li S, Liao Y, Lin SM, Meehan J, Mason CE, Santoyo-Lopez J, Setterquist RA, Shi L, Shi W, Smyth GK, Stralis-Pavese N, Su Z, Tong W, Wang C, Wang J, Xu J, Ye Z, Yang Y, Yu Y, Salit M
Nature communications , 2014 Sep 25, vol. 5, pag. 5125
Differential expression in RNA-seq: a matter of depth.
Tarazona S, García-Alcalde F, Dopazo J, Ferrer A, Conesa A
Genome research , 2011 Dec, vol. 21, pag. 2213-23, Impact Factor: 13.608
Paintomics: a web based tool for the joint visualization of transcriptomics and metabolomics data.
García-Alcalde F, García-López F, Dopazo J, Conesa A
Bioinformatics (Oxford, England) , 2011 Jan 1, vol. 27, pag. 137-9, Impact Factor: 5.468
High-throughput functional annotation and data mining with the Blast2GO suite.
Götz S, García-Gómez JM, Terol J, Williams TD, Nagaraj SH, Nueda MJ, Robles M, Talón M, Dopazo J, Conesa A
Nucleic acids research , 2008 Jun, vol. 36, pag. 3420-35