EQUIPO INVESTIGACIÓN
Bioinformatics Technicians
Carlos Martinez Mira

Pedro Salguero Garcia


Estudiante
Sergio Doria Belenguer


Investigadores Postdoctorales
Sonia Tarazona Campos


Investigadores Predoctorales
Lorena de la Fuente Lorente

Francisco Jose Pardo Palacios

Manuel Ugidos Guerrero

Angeles Arzalluz Luque

Teresa Rubio Martínez-Abarca


Técnico de laboratorio
Mª Cristina Marti Ibañez

Genómica de la Expresión Génica


La laboratorio Genómica de Expresión Génica Lab trabaja en el estudio de los aspectos funcionales de la expresión génica a nivel de todo el genoma y su relación con las enfermedades y rasgos. Para ello desarrollamos métodos estadísticos y herramientas de software que analizan la dinámica del transcriptoma, integrando éstos con otros tipos de datos moleculares y anotándolos funcionalmente, todo ello más recientemente haciendo uso de las tecnologías de secuenciación masiva (NGS). Las áreas actuales de investigación son:

  • Patho-transcriptómica: Arquitectura del genoma y regulación de la expresión génica en bacterias patógenas (Chlamydia y Pseudomonas) y hongos (Aspergillus y Fusarium).
  • Genómica y epigenómica en Lupus Eritomatoso Sistémico.
  • Marcadores epigenómicos en neuroblastoma para el diagnóstico y el pronóstico.
  • Biología de Sistemas en el sistema inmune y su asociación con la leucemia.
  • El papel funcional de ARN largo no codificante y su asociación con la enfermedad.

La investigación genómica funcional se complementa con el desarrollo de software de bioinformática para el análisis de datos: Blast2GO (anotación funcional), Paintomics (visualización genómica), Qualimap (Control de Calidad de datos NGS), maSigPro y SEA (análisis de series temporales), minAS y ASCA-genes (análisis de la expresión génica) y NOIseq (análisis RNA-seq).

El laboratorio es actualmente coordinador de dos proyectos de investigación del 7PM: STATegra, para el desarrollo de herramientas estadísticas para la integración de datos ómicoss heterogéneos y DEANN, una Marie Curie IRSES para el desarrollo de una red de análisis de NGS entre Europa y Sudamérica.

Publicaciones Seleccionadas


SQANTI: extensive characterization of long-read transcript sequences for quality control in full-length transcriptome identification and quantification.
Tardaguila M, de la Fuente L, Marti C, Pereira C, Pardo-Palacios FJ, Del Risco H, Ferrell M, Mellado M, Macchietto M, Verheggen K, Edelmann M, Ezkurdia I, Vazquez J, Tress M, Mortazavi A, Martens L, Rodriguez-Navarro S, Moreno-Manzano V, Conesa A
Genome research , 2018 Feb 9,
PaintOmics 3: a web resource for the pathway analysis and visualization of multi-omics data
Hernandez-de-Diego R, Tarazona S, Martinez-Mira C, Balzano-Nogueira L, Furió-Tarí P, Pappas G, Conesa A.
Nucleic acids research , 2018 ,
spongeScan: A web for detecting microRNA binding elements in lncRNA sequences.
Furió-Tarí P, Tarazona S, Gabaldón T, Enright AJ, Conesa A
Nucleic acids research , 2016 May 19,
A survey of best practices for RNA-seq data analysis.
Conesa A, Madrigal P, Tarazona S, Gomez-Cabrero D, Cervera A, McPherson A, Szczesniak MW, Gaffney DJ, Elo LL, Zhang X, Mortazavi A
Genome biology , 2016 Jan 26, vol. 17, pag. 13
Differential expression in RNA-seq: a matter of depth.
Tarazona S, García-Alcalde F, Dopazo J, Ferrer A, Conesa A
Genome research , 2011 Dec, vol. 21, pag. 2213-23, Impact Factor: 13.608